平安建都以前より、疫神を祀る社があったといわれる。
正暦五年、都の悪疫退散を祈り御輿を造営し紫野御霊会を営んだのが「今宮神社」の起こりである。

当社地には平安建都以前より疫神を祀る社があったといわれています。
建都ののちに平安京が都市として栄える一方で、人々はうち続く疫病や災厄に悩まされ、これを鎮めるため神泉苑、御霊社、祇園社など各地で盛んに御霊会が営まれました。今宮社の紫野御霊会もその一つです。

すなわち、一条天皇の御代正暦5年（994）六月、当社地に祀る疫神を二基の神輿に齋いこめて船岡山に安置し、神慮を慰め奉って悪疫退散を祈りました。これが紫野御霊会であり今宮祭の起源です。そしてこの時、京中の老若男女は挙って神輿に供し船岡山へ登り、綾傘に風流を施し囃子に合わせて唄い踊り、病魔のよれる人形を難波江に流したといわれます。のちの夜須礼（やすらい祭）へとつながる人々の安寧への願いです。
長保3年（1001）ご霊夢によって、疫神を鎮め祀るため再び紫野の地に御霊会が修せられ、当社地に新たに設けられた神殿三宇ともども今宮社と名づけられました。これをもって今宮神社の創祀としています。